A qualidade do ar é caracterizada através da utilização de diversos indicadores, geralmente expressos pela concentração de um dado poluente (dióxido de enxofre, óxidos de azoto, monóxido de carbono, partículas em suspensão, ozono troposférico, etc.) num determinado intervalo de tempo. Se bem que as medições quantitativas sejam as mais utilizadas, existem outros, os indicadores biológicos, que fornecem informações qualitativas, ou seja, que indicam a qualidade do ar do sítio onde se encontram, de uma forma simples e acessível a todos.

Um bioindicador (ou indicador biológico) é uma espécie, ou grupo de espécies, que, como sugere o nome, indicam o estado de um determinado meio, os impactos sofridos, os efeitos cumulativos de diferentes poluentes no ecossistema ou a diversidade biológica local. São os primeiros a sofrerem alterações (genéticas, bioquímicas, fisiológicas, morfológicas, ecológicas ou comportamentais) ou a aparecerem num determinado meio e por isso, a sua presença ou modificação, vai servir como indicador qualitativo. Organismos vivos como os microrganismos, macroinvertebrados, animais e plantas são utilizados para indicar a saúde ambiental do ar, da água ou do solo, em zonas amplas, por longos períodos de tempo, a baixo custo e acessível a todos.

No que respeita à qualidade do ar, e para avaliar o impacte da poluição atmosférica na saúde humana são vulgarmente utilizados os líquenes e os musgos.

Diferentes espécies têm resistência distinta à poluição, pela sua vulnerabilidade às alterações ambientais. Alguns possuem uma fisiologia simples e quase não têm mecanismos de protecção pelo que são bastante sensíveis e, em contacto com a poluição atmosférica, não resistem e morrem. Outros são indiferentes às mudanças e tanto se encontram em ambientes poluídos, como em zonas onde o ar é quase puro. E outros, tolerantes, sobrevivem a alguma poluição mas desaparecem se esta aumentar. São portanto excelentes modelos para medir o impacte da poluição atmosférica nos organismos vivos entre os quais, o Homem. Por exemplo, foram obtidas evidências que a diversidade de líquenes está relacionada com o cancro do pulmão numa região em Itália (Cislaghi e Nimis, 1997) ou que o desaparecimento dos líquenes de uma floresta é indicativo de stress ambiental causado pelo aumento dos níveis de poluentes atmosféricos.

De facto, mesmo registados valores regulamentares para os indicadores de poluentes atmosféricos através das análises físico-químicas, os bioindicadores permitem uma resposta imediata, muitas vezes precoce, sobre as consequências de poluentes nos seres vivos e inferir a qualidade do ar numa região através do mapeamento da biodiversidade destas espécies (a sua diversidade declina nas áreas poluídas).
Por estes factos são muitas vezes utilizados como método complementar na análise, dita convencional, da quantidade de poluentes na atmosfera.

No litoral alentejano, em particular nos concelhos de Alcácer do Sal, Grândola, Santiago do Cacém, Sines e Odemira, está a decorrer um projecto que pretende implementar um sistema integrado de informação espácio-temporal da qualidade do ar, para monitorizar, avaliar e alertar situações de risco ambiental para a saúde pública na região. Denominado por GISA - Gestão Integrada de Saúde e Ambiente, mostra-se como um projecto multidisciplinar onde intervêm especialistas nas áreas da saúde, ambiente, engenharia e sociologia e que decorre de 2008 a 2011. Entre outros, tem como objectivo a optimização de uma rede de monitorização e biomonitorização que possibilite a avaliação do comportamento no espaço e no tempo dos principais poluentes atmosféricos. Para a prossecução dos objectivos são várias as mediadas que estão a ser levadas a cabo, entre as quais destacamos a utilização de líquenes como bioindicadores para a avaliação do impacte da qualidade do ar na saúde.
No projecto GISA, a diversidade liquénica nesta região alentejana é analisada focando principalmente as áreas urbanas, zonas onde reside a população destes municípios e que apresentam uma maior diversidade de locais e uma menor abundância de substrato onde os líquenes se possam instalar

Estes organismos já tinham sido usados para avaliar a qualidade do ar na região de Sines no período entre 1980 a 2001. Os três estudos realizados na altura forneceram resultados importantes em termos de gestão ambiental (Projecto SinesBioar), bem como informação importante no que diz respeito aos métodos usados para estudos regionais de biomonitorização.
A biodiversidade das espécies de líquenes foi utilizada quer na análise prévia, para localizar os pontos mais críticos e mais importantes, quer durante os estudos funcionando como bioindicadoras e biomonitoras dos principais poluentes atmosféricos. A ferramenta de planeamento e controlo da qualidade do ar na área de Sines resultou, entre outros, da integração da informação e das metodologias dos estudos realizados na rede de biomonitorização liquénica.

Os líquenes são seres vivos muito simples caracterizados pela simbiose formada por um fungo e uma alga. Podem assumir-se sob diversas formas, cores e tamanhos. Como organismos simbióticos excepcionais, são encontrados em todas as regiões do mundo e, geralmente, em áreas submetidas a condições climáticas severas.

Pelas suas propriedades antibióticas, antivirais e muitas outras, têm sido utilizados nos mais diversos sectores da indústria, como a farmacêutica e a perfumaria, em vastas áreas de investigação e mesmo na tinturaria e culinária.

Outra utilidade de excelência reside nas suas características como bioindicadores uma vez que, embora possuam grande capacidade de sobreviverem nos mais diversos ambientes, são muito sensíveis à poluição atmosférica. Por este motivo tem na actualidade um papel muito expressivo nos estudos de bioindicação e biomonitorização da qualidade do ar. Esta característica é estudada desde há mais de cem anos quando, em 1866, Nyland notou que alguns dos líquenes encontrados em algumas árvores nos arredores de Paris não eram encontradas nas mesmas espécies do centro da cidade.
Cerca de 90% dos trabalhos que tratam o líquen como bioindicador de poluição ambiental demonstram a correlação da distribuição das espécies com as fontes poluidoras e a importância da biomonitorização na distribuição e violência das emissões dos poluentes.